大都市ニューヨーク。４人の男女が今朝も“仕事”に向かう。４人とはクリーニング店の娘レイチェル、元ＦＢＩ捜査官のビル、ソーホーで独身生活を楽しむ美人ニーナ、自閉症の青年ゲイリー。だが、彼らの家族すら知らないが、レイチェルは超感覚、ビルは怪力、ニーナは他者を操る能力を持ち、そしてゲイリーはあらゆる電磁波が見える、いずれも特殊能力の持ち主“アルファ”だった。“仕事”とは、“アルファ”研究の第一人者ローゼン博士の指揮のもと、怪事件・異常現象を調査するものだった。
ある日、市警本部で事情聴取中の犯罪者が、何者かに頭を一撃で狙撃される。取調室は密室で狙撃は不可能なはずだが、レイチェルは空調の狭いダクトを銃弾が通り抜けたと察知。容疑者は元海兵隊のスーパーの店員、キャメロンに絞られる。驚異的な身体能力を使って逃亡したキャメロンだが４人が確保。キャメロンもまた“絶対身体能力”を持つ５人目の“アルファ”だった。
同じ頃、ニューヨークではマインド・コントロールされた市民が凶悪犯罪に手を染める事件が続出。背後には謎のテロ組織“赤い旗”が暗躍し、“ゴースト”と呼ばれるテロリストが不思議な能力でキャメロンたちをマインド・コントロールしていた。“ゴースト”もまた“アルファ”なのか。善と悪、両方の“アルファ”の死闘が幕を開ける……。