これまで最高機密だった、特殊能力者＝“アルファ”の存在が世界に明かされた時、善と悪のアルファ、両者の死闘は、人類の運命をかけた最終戦争に発展していく……!?
善のアルファ“アルファズ”を率いるローゼン博士は、悪のアルファ“赤い旗”のリーダー、パリッシュとついに対面。善悪双方のアルファの全面対決は避けられないと考え、それまで最高機密とされた“アルファ”の存在をあえて世界に公表するという大胆不敵な手段に打って出た。その影響でローゼン博士が政府に監禁されてしまい、解散の危機に立たされた、善の“アルファズ”。一方、悪のアルファたちが収容された施設“ビンガムトン”では、収容者の首に埋め込まれたチップが無効化し、大暴動が発生する異常事態に……。
“アルファズ”にチャーミングな新メンバー、キャットが加わるなど、さらにスケールアップした急展開の中、善のアルファＶＳ悪のアルファの死闘はクライマックスを迎える！