冷戦時代、アルファに関するプログラムに関与していた科学者3人が不審な死を遂げた。DCISのオフィスからこの3人にコンタクトがあったことを突き止めたクレイは、DCISのメンバーを特殊部隊に襲わせ、ビンガムトン特別研究所へ強制収容する。